一番考えられるのは
・何らかの裏仕事を裏社会の組織に依頼
↓
・組織が仕事を成し遂げた後、放置してきちんとした対応を取らない
↓
・組織が怒って反撃に出ようとすると、癒着してる警察を動かして、組織を潰しに掛かる
↓
・組織の頭が、末端に、爆発物を仕掛けたという電話を掛けさせて、それらしきものを置く
↓
・草加顔面真っ青、警察に通報するも、脅迫電話の件を話せば、草加が依頼した裏の仕事がバレる為
脅迫電話があった事を伏せて、職員か学会員が偶々「爆発物らしきもの」を発見した事にする
↓
・爆発物を偽物だった ← 今ココ
既出だけど単に不審物があるというだけで何故「爆発物」だと判断したのかが謎
わかりやすく時計が取り付けられたような時限式爆破装置風の物でも置かれていたのであれば話は別だが
そうであればその旨を書いた記事が出ると考えられるし、となってくれば脅迫電話があったと考えるのが合理的