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事故調査報告書による公式的な事故原因である圧力隔壁破壊説には明らかにおかしい点が多数有り、日航の乗務員組合から疑義が呈され再調査を訴えられる始末。
事故直後、まるで本物の墜落地点を隠蔽するかのように防衛庁発表の墜落地点が二転三転。
事故後すぐに現地に急行した在日米軍に日本政府が救出活動の許可を与えなかったこと。（→アントヌッチ証言)
日本側の救出部隊の動きがあまりにも遅かった。
救出隊を足止めしたいくつかの事例。
ボーイング社の見解が事故直後と１ヶ月後とで大きく異なっていること。
ボイスレコーダーの一部が未だに非公開になっていること。
乗客の遺体の損傷が激しすぎる。(二度焼きされた痕）
事故直後に日航の技術者が現地入りしている。
何者かが偽装した捜索隊があった。
生存者救出よりも先に自衛隊が事故現場から謎の物体をヘリで搬出していた。
墜落直後、４人の生存者の他にも生存者がいたのに死者は全員”即死”扱いになっていること。
ジャンボ機の部品にあるはずのないものが事故現場から発見されている。
相模湾から見つかった垂直尾翼に衝突痕があった。
自衛隊が民間の救助隊を追い払った。
事故現場一帯を警察ではなく、自衛隊が支配していた。
遺族側が再調査を望んだ直後に、1t以上もの大量の証拠資料を廃棄
事故当時首相だった中曽根康弘氏による「秘密は墓場まで持っていく」証言。（鶴瓶の番組でのTV インタビューより）