>>「集団生活のルールを学ぶ機会が奪われるなど、教育を受ける権利が侵害されている」

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これは無理だろうな。
父親の意図としては「他の生徒と一緒に……」ということだろうけど、

「通学を共にする」

ということは義務教育の必須条件ではない。
「友達と一緒に登校する」という行為が、学習過程にあるような学校は存在しないと思う。