黒幕は義昭で秀吉はそれを知ってた。
それで秀吉は内緒で義昭と内通し義昭の後押しもあって毛利と講和し中国大返しをした。
その見返りに（将軍の権威を利用したい思惑もあったろうけど）命を取らず1万石の領地を与え生活の保障をしたのだろう。