運輸支局長の印が入った現時点で有効な車検証を無効にするなんてことはないよ
これは役所のメンツがかかってるから

運輸局のライン通して合格した後で検査員のミスが発覚した場合も同様で
再検査のおねがいという通知が来るが無視しても車検証は有効