浮島丸の沈没原因は、機雷の爆発によって船体が損傷し、浸水したためである。
磁気機雷に関しては、日本海軍の舷外電路（浮島丸は装備）で早期爆発が可能であったが、
音響機雷に関しては掃海艇による音響発信機（英名フィクサー）による先導が必要であった。
しかし、浮島丸は大湊から舞鶴への突然の寄港についての連絡が不十分であったことで、
舞鶴港内への掃海艇の出迎えを待たずに湾内に進入してしまった。
そのため、海底に敷設された機雷に自艦のディーゼルエンジンの音が反応してしまい、
機雷を作動爆発させた（機雷は水圧式の可能性もあるが、浮遊式のものではない）。
ただ、あらかじめ機雷を警戒して沿岸部ぎりぎりを航行したこと（船の通らない沿岸部には機雷はないと予想された。
結果として岸からの救助活動が迅速に行えた）に加え、
万一の事態に備えて乗船者および乗組員の大半をデッキに誘導していたことが被害の拡大を防いだ。
