（局長だろうが）一介の公務員が自身の判断で改ざんや虚偽答弁なんぞをするメリットがない。
売買が成立しようがしまいが売却価格がいくらになろうが税金で払うだけのことだし、公務員自身にはどうでもいいわけで。
じゃあなぜ危ない橋を渡ってまで改ざんや虚偽答弁をしたかといえば、政治家から（明示か暗示は別として）指示あったからと考えるのが自然。
もちろん、指示に従って行動した場合のその後の扱いに何かのメリット（例えば、国税庁長官人事もそのひとつだろう）があるわけだが。

今日の証人喚問でも政治家の関与を否定する条件で「（佐川の）今後の便宜を図る」という密約が水面下で結ばれているとみるのが自然。