博多南線があるから新幹線の要件を満たしていない、
だから、博多−新八代間開業時に、在来線経営分離は必要なかった、
なんてどうでもいい話。

長崎県:FGT導入の前提が覆されたのだから、フル規格新幹線で。
JR九州:在来線分離がない限り、フル規格新幹線建設に同意しない。
佐賀県:在来線分離がある限り、フル規格新幹線建設に同意しない。
国交省:じゃぁ、当面は現在のまま(リレー方式)で、どちらの気が変わるまで待ちましょう。
これだけの話。

JR九州と佐賀県が納得できれば、その形式で着工される。
今のところは在来線の一方を改軌する単線並列型ミニ新幹線。運休不要だがダイヤの制約が大きい。
三線軌も複電圧車は必要ないので、運営コストはかからない。
新幹線の要件を満たさないので、在来線分離問題はない。
在来線の改軌を始めてから、フル規格に変えることは、可能性としてはあるが、事実上はあり得ない。