自衛隊法第4条
１ 内閣総理大臣は、政令で定めるところにより、自衛隊旗又は自衛艦旗を自衛隊の部隊又は自衛艦に交付する。
２ 前項の自衛隊旗及び自衛艦旗の制式は、政令で定める。
ということで、自衛艦旗は政令により内閣総理大臣が定めることが法律で定められている。
この政令が自衛隊法施行令第1条の2になる。
自衛隊法施行令第1条の2
１ 自衛隊旗は、法第2条第2項に規定する陸上自衛隊（以下「陸上自衛隊」という。）の連隊に、自衛艦旗は、同条第3項に規定する海上自衛隊（以下「海上自衛隊」という。）の部隊の編成に加えられる自衛艦に交付するものとする。
２ 自衛隊旗及び自衛艦旗の制式は、別表第1のとおりとする。
別表第1には、旭日旗が自衛艦旗として図柄入りで指定されている。
http://elaws.e-gov.go.jp/search/elawsSearch/elaws_search/lsg0500/detail/329CO0000000179_20170814_429CO0000000224/0?revIndex=22&;lawId=329CO0000000179&openerCode=1#C
