店内で調理して提供する所では、普通に税金取ればいい。
店内若しくは何処かで加工してパックに詰めてある物の販売は軽減で良いのでは？

基本的には、無加工の食品(食材)は無税で、寿司やサンドイッチ、おにぎり等々の加工品は嗜好品扱いで課税であるべきと思うが。