一般的な世間のイメージとして博士号取得者は閉鎖的で視野が狭いと考えられている。卓越大学院プログラムに採択された大学は、博士課程学生に５年一貫で世界最高水準の教育を全学的に実施する。専門性だけでなく独創力や社会全体の俯瞰（ふかん）力を育てるため、学内の研究科の横断、国内外の研究機関や産業界との連携に取り組む。
当初は１件あたり５億５０００万円のプログラムを１０件採択するとしていたが、４倍弱の競争率を経て１５件の採択となった。文科省の１９年度予算概算要求では１９年度新規採択１５件分を計上している。
採択案件の領域は生命・医療系、エレクトロニクスや材料の工学系でほぼ二分されている。さらに情報など社会のイノベーション創出に必要な分野融合を盛り込んでいる点が共通する。
文科省が進める科学技術や産学連携の既存の拠点形成事業と連動したケースも目を引く。名大の化学・生命科学融合は基礎研究の国際競争力強化に向けた「世界トップレベル研究拠点プログラム」（ＷＰＩ）、東北大の人工知能（ＡＩ）・エレクトロニクスのプログラムは組織対組織の大学産学連携コンソーシアム事業「産学共創プラットフォーム共同研究推進プログラム」（ＯＰＥＲＡ）に連動する。拠点に集まる国内外の大学や研究機関、企業など多機関の関係者が博士教育に関わる仕組みだ。
また国の支援終了後を見据え、資金面を支える企業や大学独自の資金の投入計画といった継続性も審査のポイントとなった。学内外から資金を集めるため「プログラムの進行状況などの説明責任が格段に高くなる」（文科省・高等教育局）。大学院教育の閉鎖的なイメージが大きく変わろうとしている。
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