おそらくこんな経緯：
学術会議から推薦者名簿が内閣府に届いた
→内閣府が杉田官房副長官に名簿を説明
→杉田副長官が全員の身辺調査を内調に指示
→身辺調査の結果を携えて杉田副長官が菅首相・加藤官房長官と相談
→菅首相が６人の排除を決定
→６人を除いて起案するよう杉田副長官から内閣府に指示 かな？