「先住」と言うと、アメリカ先住民のイメージで、
この人達だけがかつて日本列島に住んでいて、
後から来た今の多数派が彼らを侵略したみたいな風に聞こえて
違和感与えるのでは。

日本（全体）の先住民ではなく、「北海道の先住民」とすれば
誰も違和感ないと思うんだけど。
当初、北海道には彼らしか住んでおらず、和人は後から入って来たんだし。

だけど北海道以外の日本ならアイヌと同じ時期かそれ以前から和人も住んでただろうから。