開催都市といっても、器を貸すだけで、実際の競技を運営するのは各国際的競技団体です。
だから、国際陸連の希望を無視した場合は、マラソンは東京では行われなくなるだけです。
陸連が東京は嫌だと言っている以上、無理ですね。

五輪の構造を理解してください。