内閣の解釈は単純で、

１、「〜に基づいて〜任命する」は他の法律をみる限り形式的ではない。
むしろ憲法のほうが例外。
２、中曽根の答弁時とは学術会議をとりまく事情が異なっている。

このへんでわりとみんな納得しそうだけどね。