また、47都道府県を対象に主成分分析を行ったところ、第1主成分は沖縄県と各都道府県の遺伝的距離を反映。
沖縄県に遺伝的に最も近いのは鹿児島県となり、クラスターを形成した地方に着目すると、
九州地方と東北地方が沖縄県に遺伝的に近く、近畿地方と四国地方が遺伝的に遠いことが分かったとしている。

さらに、f2統計量の解析から、近畿地方や四国地方は中国・北京の漢民族に遺伝的に近いこともわかり、
第2主成分は都道府県の緯度および経度と有意に相関していたという。

同研究の結果は、各都道府県の縄文人と大陸から来た渡来人との混血の程度の違いと地理的位置関係が
本土人の遺伝的地域差を形成した主な要因であることを示唆しているとのこと。

同研究グループは、大部分の渡来人は朝鮮半島経由で日本列島に到達したと考えられるが、
朝鮮半島から地理的に近い九州北部ではなく、近畿地方や四国地方の人々に渡来人の遺伝的構成成分がより多く
残っていることは、日本列島における縄文人と渡来人の混血過程を考えるうえで興味深いとし、
本土人のゲノム成分の80%程度は渡来人由来であると推定されているが、近畿地方や四国地方には、
さらに多くの割合の渡来人が流入したのかもしれないという。

結論:　沖縄、九州、東北は縄文人の血が濃く、近畿、四国は大陸渡来系の弥生人の血が濃い