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"一方、国交省による毎月の集計では、未提出の業者でも受注実績をゼロにはせず、
同月に提出してきた業者の平均を受注したと推定して計上するルールがある。"

国交省がやっているのは母集団推定値の算出で、未報告業者の業績を平均から推計するものではないよ。
（抽出率の逆数及び調査の回収率の逆数を各標本の調査結果に乗じている）

間に合わない報告は翌月に実績があるものとして報告していて、月ごとの数値は上下するけど、二重計上はない。
https://www.mlit.go.jp/report/press/content/001408102.pdf

この記事は、記者やデスクの理解力（調査力）不足によるフェイクニュースだよ。