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　 ●2017年1月8日、オオカンガルーの「ウメ」（５歳）首の骨の脱臼による脊髄損傷で、同園はえさ箱の側面に付けた網に首を挟んだとみている。
　 ●2015年10月7日、ニホンザルのゆり太（20歳）麻酔による急性心不全で死亡。改装のための園内輸送中に起きた乱闘で負傷した6頭の麻酔手術中の死だった。 　
　 ●2015年8月30日、マサイキリンのナナコ(11歳)が誤嚥のため窒息死 　
　 ●2015年8月23日、グラントシマウマの飛馬（ひゅうま6歳）が新施設アフリカゾーンへの輸送中に死亡 　
　 ●2015年7月25日、マレーグマのメス「ウッチー」（推定30歳以上）が、オス「ウメキチ」（５歳）、メス「ハッピイ」（3歳）の繁殖の補 助的役割として同居。5回目の同居の7月24日にウメキチからの暴行を受けて、翌日死亡。 　
　 (※動物園愛護法に基づく改善勧告を受ける) 　
　 ●2015年5月3日、コツメカワウソの「ずんだ」（生後9カ月）がプール内の濾過取水口に右後肢を吸い込まれ溺れて死亡。 　
　 ●2014年5月28日、マレーバクの「トーヤ」（2歳半）屋外プール内の壁と鉄柵との間に左顎を引っかけ、溺れて死亡。 　　
　 ●2013年4月24日、インドオオコウモリが死亡（2012年に円山動物園に来園）死亡原因不明。 　
　 ●2013年1月8日、シンリンオオカミの「キナコ」（13歳）が、檻越しに他の個体に噛まれ出血死。 　
　 ●2013年1月7日、コツメカワウソの「コチカ」（1歳）が死亡。プール内ですでに死んでいるところを発見。死亡原因不明。 　
　 ●2012年1月22日、イヌワシ(オス、36歳)が、ケージに激突して死亡。 　
　 ●2010年11月13日、エゾヒグマの「とわ」（2歳）と「カステラ」（0歳）が同じ放飼場に入ってしまい、体の小さな「カステラ」が「とわ」の攻撃に遭い、死亡。 　
　 ●2010年3月1日、ワラビーの「サンデー」（3歳）死亡。暖房から急に噴き出たスチームに驚いて施設内の壁にぶつかったと見られる。