「特別報告者との有意義かつ建設的な対話の実現のため，今後もしっかりと協力していく。」
が政府の方針なら

菅は
「不適切なものであり、強く抗議を行っている」
「何か背景があって（書簡を）出されたのではないかと思わざるを得ない」
というより
「誤解があり、説明したい」
とコメントすべき