マイナポータルにアカウント作って「氏名：鈴木一郎 マイナンバー：1234」と登録する。
LINEからマイナポータルが提供するOpenIDコネクトとかを使ってLINEのアカウントとマイナポータルにアカウントを紐付ける。
LINE側にはマイナポータルから「ID：ABCD」を告げられてLINEには「ID：ABCD」が登録される。
LINEから「ID：ABCD」を使って電子申請を行う。
電子申請された行政側は、「ID：ABCD」が誰なのかをマイナポータルに問い合わせて鈴木一郎の申請が受理される。

これでLINE側にはマイナポータルに登録された情報は漏れない。

が、これであるかどうかも発表はされていない。
いずれにせよ情弱騒ぎすぎ。