国家戦略特区の諮問会議の議事録によれば、
申請者が要件充足を主張すれば原則採用とし、
要件充足しないと省庁が考える場合には省庁に説明義務を課すべき、
との甘利議員の発言が収録されています。
つまり、本件における挙証責任は文科省にあるということです。
さらに、それを果たせなかったのも文科省。