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海上保安官が武器を使用して相手に
危害を加えた場合に違法性が阻却される
基準（危害射撃が可能な基準）は、
海上保安庁法第20条に
警察官職務執行法第7条を準用すると従来から
定められており、
これによると、正当防衛、緊急避難、
懲役3年以上に該当する
凶悪犯罪を既に犯したか、犯した疑いのある
犯罪者の検挙時に犯人が逃走・抵抗を図り、
これを防ぐために他に採る手段がない場合
のみに危害射撃が免責される。

また、1999年に発生した能登半島沖不審船事件
を受けて改正された
海上保安庁法第20条により、外国の民間船舶の
領海内における航行が、
凶悪犯罪を犯すのに必要な準備のため
行われているのではないかとの疑いを
払拭することができないと
海上保安庁長官が認定した場合にも危害射撃を
行えるようになっていた。

しかし2001年12月の、奄美大島沖での
不審船が未だ凶悪犯罪を起こしていなかった
ため、
警職法に定められた危害射撃時の免責の要件を
満たせず、
また日本の領海外のEEZ内であったため、
改正第20条の免責の要件も満たせず、
本庁は難しい判断を迫られた。

最終的に日本政府、国土交通省、海上保安庁
は
「照準性能が高いRFS付き機関砲であれば、
乗員に危害を加えずに、船体射撃が可能
」という判断を基に船体射撃を行うことを決定した。

そして、16時13分から「いなさ」が、
不審船の船尾にあると推定される機関を
破壊するために、警告放送の後に20mm機関砲
による射撃を行った。しかし効果はなく、
なおも不審船は逃走を続けた。
主機関は船尾ではなく前部の船倉にあることが
判明した
（船尾に上陸用舟艇を隠すために船首部分に
機関を設置していた）ことから、16時58分、
「撃つぞ。船首を撃つから船首から離れろ」
との警告の後、「みずき」搭載の20mm機関砲
により、船首への射撃を行った。
この際、発射された曳光弾が船首の甲板上の
ドラム缶に備蓄されていた予備燃料に命中、
引火し火災が発生した。
これにより、17時24分、不審船はやっと
停船した。