＞ボール2個転がす系でも同じだよ
＞転がすのと元の位置に戻すのに必要なエネルギーが同じにならない

言いたいことがいまいちよくわからないんだけどそれは
エントロピー増大則じゃなくてエネルギー保存の法則で説明される話じゃないの？
転がってるうちに一部のエネルギーが摩擦熱として失われていくから
その間に失われたエネルギーをどこかから持ってきて埋め合わせないと
元の状態には戻らないということなのでは？

エントロピーの定義は熱力学では系に流入した熱量を系の温度で割ったもの
これは熱が高温側から低温側に向かってしか流れないというマクロな熱移動の経験則を
数式化するために作られた定義だからマクロな系で使わないと意味がない

分子2個の系とかの話をするなら統計力学的エントロピーの定義で考えないとだめ
こっちは分子が取りうる状態数ΩにたいしてS=k・ln(Ω)で定義される
分子の数が極端に少なければSの値が自然に減少するような過程は
ランダムな分子の運動によって普通に起こりうることは計算すればすぐわかるはず