ただ、実在の神社名を無断で使用したとしても、法律には引っかからんだろ。
神社名に著作権があるわけもないし、神社名を商標として登録してるところもほとんどあるまい。
そもそも、神社がやってる行為は、建前はあくまでも宗教行為。
自らは「お守り売るのも、おみくじ売るのも商売じゃない」と言ってるのに、商標登録するのは自己矛盾だし。

許可がどうしても取れないというのなら、そのまま突っ走るというのだってありだったろうに。