単純に、出生届といっても日本国籍を付与するわけでもないから、読みを登録するものとしてカタカナ。
でも中国、朝鮮系の人は名前に漢字使ってるから漢字もOKぐらいの理由だよ。
明治時代の人なんて外国人がひらがなの名前登録しようとするなんて想像もしなかっただけで差別意識もない。