本当なら外国の正式な名前の綴りで住民登録できればいいんだろうけれどね
名前はアイデンティティだし個人識別に大切なものだからできれば正確なほうがいい
でも外国人への現実的な対応としてはABCとかアルファベットで表記してもらい、
読み方をカタカナでつけてもらうしかないわな

だから自国で子の名前を「Sakura」とか「桜」としか届け出られないのなら
その子の本名は「Sakura」や「桜」でしかないわけで「さくら」ではない
だから日本での登録は「Sakura」とか「桜」、そして振り仮名で「サクラ」とするだけのこと