＞「（他の科目を合わせて）４科目で登録したが、３科目で受けられるか」と質問し、職員が「できます」と回答したという。

この回答を根拠に、地歴公民２科目登録を１科目へ変更なんて認められたのか？
例えるなら
Q.5+7は12ですか？　A.そうです
↓
「俺はあの時10進数だなんて限定はしてない！16進数という条件の下でも5+7＝12で正解にしないなら、あの時質問に答えた奴は嘘つきだ！」
ってクレームつけてるようなもんだろ

この質問の仕方はかなり悪意のある質問の仕方だから、締め切り後にどうしても変更したい受験生に、教師か予備校関係者あたりが入れ知恵して
入試センター職員の言質を取った可能性もあるな