裁量労働と時間労働、働く側がどちらを選んでもいいように必ず併記されていること
またどちらを選んでも昇進に影響しないことが担保されていること
更新期間を短く設定(2ヶ月とか3ヶ月）

これでも問題出るようなら
裁量労働をする会社を国が認定するような免許制にしたらいい。
労働災害が出たら免許剥奪プラス課徴金、それを被災者へ充てる原資とするとかね。