正確に書くと
籠池が学校を作れずに国交省が買い戻す時に、
籠池に払い戻す金をまずは金融機関に支払えという契約
金融機関は自らの融資の分を差し引いた残額を籠池に支払う

これは住宅ローンを支払ってる建物の火災保険でもよくある契約
金融機関と保険会社、ローンを支払ってる人で質権契約を結ぶと
もし火事で火災保険が下りると、保険金はまずは金融機関に支払われる