JPKIはただの利用者認証方式というだけなので、その先で得たデータの匿名化とは関係ないよ。
在留カードとも無関係。
在留資格等の情報は電子署名には含まれていないし、
物的に視認できることと、電子的に証明できることとは、用途が違う。
マイナンバーが、IC内に格納するだけじゃなくて、カード券面に記載せざるを得なかったように。