ジョンベネの遺体は、口はガムテープで塞がれ、首に紐で縛った痕、頭部に打撲傷
（懐中電灯で2回強く叩いたもの）があり、手のひらにはハートマークが書かれていた
（このマークについては、いまだに謎のまま）。

なお、この事件は警察が現場維持を怠る初歩的なミスを犯したため、
ジョンベネの遺体に付着していたと考えられる多くの物的証拠が、両親の涙などで台なしとなってしまい、
捜査をいたずらに難航させる結果になってしまった。

捜査の結果、家の塀には足を引きずった跡なども見つかり、検死解剖の結果、性的暴行を受けていたことが判明。
また、脅迫状には「金を用意しろ」と書かれていたが、捜査官は「性的暴行だけが目的であり、誤って殺害されたもの」との見解を示した。