この事例は

大学で郵便を開封した時点で書類不備だから不受理決定
不受理による返金あり（らしい？）

入れ忘れたので追送→NGだと思う、必ず大学に確認すべき（2度目の書類不備になる可能性あり）
入れ忘れたので持参→確実にNG、再度書類全部揃えて郵送し直す必要あり

本州・四国・九州・北海道在住だったらどんな理由であれ必着で局留の局に郵便物が無ければなかったはず
（静岡南郵便局の窓口まで来て局留の簡易書留速達で出す）

となるところをお偉いさんが「沖縄だし締め切り時刻までに持って来るなら特例にする」と言ってくれた
これ以上ありがたい話はないはずだが