新選組はいまでいう警視庁直属の対テロリスト特殊治安部隊だよ。
京都で殺人テロを行ってた長州系の過激なテロリストをせん滅するための組織。

山本は新選組じゃなくて、
暴力による権力奪取を狙ってた長州系テロリストの仲間じゃん。