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日本ではマリモの生育が確認されている湖沼は以下の通りである。

北海道：阿寒湖・釧路湿原内の中小湖沼（シラルトロ湖・塘路湖・達古武沼）・チミケップ湖
青森県：左京沼・田面木沼・市柳沼・姉沼・内沼・小川原湖
秋田県：獅子ヶ鼻湿原（にかほ市象潟）天然記念物に指定されている鳥海マリモ。直径１ｍ以上もある世界最大のマリモもある。
山梨県：山中湖・河口湖・西湖・精進湖・本栖湖（いずれもフジマリモ）
滋賀県：琵琶湖
富山県：タテヤママリモ
(引用元:Wikipedia)