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平成31年総務省告示第179号
第二条 法第三十七条の二第二項及び第三百十四条の七第二項に規定する第一号寄附金の募集の適正な実施に係る基準は、次の各号のいずれにも該当することとする。
一 (省略)
二 各年度において第一号寄附金の募集に要した費用の額の合計額が、当該各年度において受領した第一号寄附金の額の合計額の百分の五十に相当する金額以下であること。
ただし、各年度において受領した第一号寄附金の額の合計額が少ないことその他のやむを得ない事情があると総務大臣が認める場合は、この限りでない。

寄付額が少なくて結果的に超えてしまったとか、やむを得ない場合の例外規定はあるけれど違反したら申請を認めないと言っている。