アイヌ人からみると琉球人が遺伝的にもっとも近縁であり、両者の中間に位置する本土人は、琉球人に次いでアイヌ人に近いことが示された。
一方、本土人は集団としては韓国人と同じクラスターに属することも分かった。
https://www.soken.ac.jp/news/5276/

▲本土日本人と韓国人は同じクラスター
▲アイヌにもっとも近いのは琉球人

このことから、日本列島全土にアイヌ・琉球人タイプ（先住民）がいたところに、朝鮮半島から人が流入し、そららを征服、北と南の端に先住民タイプが残ったということが分かる。