給与未払いのクレームを労基とともに本部に入れるのは正解かもね。

オーナーは売上を本部に送金してる。
そして、本部は給与を含めた支払いを代行してる。
高校生バイトが本部が悪いと間違いするのも仕方がない。
本部が払ってくれないように見える。

本部には法的な責任はないけど、風評は気にするから、本部は裏が取られれば支払いを促すよう対処することになる。

オーナーから預かった金をオーナーの指示なくバイトに払うことはできない。横領になる。（確定判決とかもってたら別。）

でも、金の流れはわかってるから、未払いの裏はとれる。
その後、明らかな違法行為はやめるよう要請することはできる。

これが契約解除の決定打となるクレームなのではないか？