窓口に小銭持ち込む客は袋に幾ら入ってるか分からずに貯め込んだ小銭を持って来る場合が多いから、
客の目の前で小銭の計数しないと後々トラブルになるからその分、係員の手間を取られる。

そのための手数料だろう。
　
それに、できるだけ自分でATMで入金してもらいたい意向もあるだろうな。