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ETCなら入口通過後一定時間経過すると出口不明で満額で課金されて、出口でたら今度は入口不明で満額課金されるんじゃねーの？
電話で高速道路の窓口に申告すれば訂正してくれるよ。
その際に入口名、出口名、正確な通過時間のメモ用意しとくといい。