>>81をもう少し補足すると…

日本学術会議法　第七条二項の「推薦に基づき」を首相が無視できるとすると、
内閣総理大臣の任命や最高裁の長の任命も天皇が拒否できることになる。

日本学術会議法　第七条二項
会員は、第十七条の規定による推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する

日本国憲法 第六条
天皇は、国会の指名に基いて、内閣総理大臣を任命する。
天皇は、内閣の指名に基いて、最高裁判所の長たる裁判官を任命する。

法律に定められた行政手続きを、行政府の長が破って大丈夫だろうか？
日本は法治国家なのか？