内閣総理大臣は、推薦された学術会議の会員候補者を会員に任命しないこともできる

憲法７２条「内閣総理大臣は、...行政各部を指揮監督する。」
国家行政組織法２５条２項「政府は、少なくとも毎年一回国の行政機関の組織の一覧表を官報で公示するものとする」
を受けた令和元年１０月１日現在の国の行政機関の組織（令和元年１２月１７日公示）
https://www.cas.go.jp/jp/gaiyou/jimu/jinjikyoku/files/r011217kouji.pdf
４頁めの最上段に「日本学術会議」があるから、日本学術会議は国の行政機関

内閣総理大臣の行政各部に対する指揮監督権は国の行政機関＝日本学術会議に及ぶ
任命するもしないも自由
平和安全法制とテロ等準備罪に反対する６人を国家公務員にしないだけ