学術会議という対象は問題と全く関係無い。
政府がどうやったかという方法の問題だけ。

日本学術会議法　第七条
　会員は、第十七条の規定による推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する

じゃあこっち↓も無しで。頑張れナルちゃん。

　天皇は、国会の指名に基いて、内閣総理大臣を任命する
　天皇は、内閣の指名に基いて、最高裁判所の長たる裁判官を任命する