そもそも男女マークを掲示しておいて
「このトイレは安全確認のため従業員も使用させていただきます」
って表示は一般的なのかの?

単に「このトイレは従業員も使用させていただきます」ならわかるし
「このトイレは安全確認のため従業員が巡回します」もわかるが、
「安全確認」を理由に「使用」するってどんな状況だよw