塗抹と培養で菌がゼロになっても体内の結核菌を全部殺したことにはならんよ

結核菌の感染後発症しないまま休眠菌のまま生き残っていることや
治療後少数の菌が休眠菌として残存することも稀ではなく普通にある
このような休眠菌は鏡検や培養で検出されず治療薬でも殺せない

潜在性結核感染
https://jata.or.jp/terminology/s_19.html

結核は潜在性の感染が少なからずあり、
ここから結核発症に至ることもあることが結核の根絶が難しい要因の一つ