日本学術会議は内閣総理大臣の所轄の行政組織であり、外部機関ではない。
したがって独立性が求められるのは３条規定の職務がベースになる。

第三条　日本学術会議は、独立して左の職務を行う。
一　科学に関する重要事項を審議し、その実現を図ること
二　科学に関する研究の連絡を図り、その能率を向上させること
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２ 会員は、第十七条の規定による推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する。


そして、任命には拒否権も含まれる。↓

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任命権者（にんめいけんじゃ）とは、任命対象者の任命、【休職、免職及び懲戒等】について権限（任命権）を有する者のこと。
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内閣総理大臣（任命権者）→　日本学術会議会員及び事務局職員（任命対象者）
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そして、さらにこの法律の上に日本国憲法72条が位置する。

「内閣総理大臣は、内閣を代表して議案を国会に提出し、
一般国務及び外交関係について国会に報告し、並びに行政各部を指揮監督する」


よって、内閣総理大臣の任命拒否権を否定する事こそ違憲である。