・推薦を全員任命する義務はない
・学術会議に総合的、俯瞰的活動の確保を求めた

これが内閣府の方針であり、菅の意向
これに従い職員が選考を行い、菅が任命をした
6名が任命されなかった理由は内閣府の方針であり
職員が選考する際の指標となった上記の2点となる