日本学術会議は菅内閣総理大臣直轄の行政機関

同じく行政機関の委員の任命において内閣総理大臣に広範な裁量があるとされた東京高等裁判所の判例
https://www.courts.go.jp/app/hanrei_jp/detail6?id=19385
東京高裁平成１０年９月２９日判決 平成９（行コ）７６

「中央労働委員会の労働者委員の任命については、
　任命権者である内閣総理大臣の広範な裁量にゆだねられており、
　労働組合の推薦に基づく候補者を当初から審査の対象から除外したり、
　あるいはこれを除外したと同様の取扱いをするなど、
　労働組合法が推薦制度を設けた趣旨を没却するような特別の事情がない限り、
　裁量権の濫用とはならない。」

労働組合法第十九条の三の１項・同２項
中央労働委員会は、使用者委員、労働者委員及び公益委員各十五人をもつて組織する。
＜略＞労働者委員は労働組合の推薦...に基づいて、＜略＞内閣総理大臣が任命する。

日本学術会議法第７条１項・同２項
日本学術会議は、二百十人の日本学術会議会員（以下「会員」という。）をもつて、これを組織する。
会員は、第十七条の規定による推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する。