>もしもこの「障害」が本当に生きていくうえで障害となるのなら、
>その人が子孫を残す確率は小さくなり、ダーウィン流の淘汰が働くはずである。しかしそうはならなかった。

減数分裂の時に確率的に変異が起きるだけじゃね?
それか、
精子が一列に並んで、卵子までの経路と接合の説明を受けてる最中に
勝手に走り出して受精しちゃうとか。