36協定無効は実は結構多くの企業であるよ。俺が某東証一部上場企業に査察入ったときも見事に無効で、俺が指摘してから数日間、残業が一切できなくなった。
なお、一年単位の変形労働時間の協定も壊れるから、適用していた場合は遡ってなかったものとして考え、残業代が発生することになる。
結構な強烈なリスクなので、各企業には注意してほしい。