日本銀行は、日本政府の子会社です。日本銀行の株式の５５％を日本政府が持っています。
日本銀行が保有する国債は、政府にとって「子会社から借りている借金」ということになるため、連結決算で相殺されます。
利払いも、相殺です。
実際、日本政府は日銀が保有する国債に対し、律儀に利払いを続けていますが、日銀の決算が終わると「国庫納付金」として戻ってきています。